Jepang, 1988. Sebuah ledakan yang disebabkan oleh seorang anak laki-laki berkekuatan psikis mengguncang kota Tokyo dan memicu perang yang memicu Perang Dunia III. Untuk mencegah kehancuran lebih lanjut, ia ditangkap dan ditahan, tak pernah terdengar lagi kabarnya. Kini, di tahun 2019, sebuah versi kota yang telah dipugar, yang dikenal sebagai Neo-Tokyo—sebuah wilayah yang sarat dengan kekerasan geng dan terorisme terhadap pemerintah saat ini—berdiri menggantikannya. Di sini, Shoutarou Kaneda memimpin “The Capsules,” sekelompok orang aneh yang dikenal suka mengendarai sepeda motor besar kustom dan terus-menerus berkonflik dengan rival mereka, “The Clowns.”
Dalam salah satu pertempuran ini, sahabat Shoutarou, Tetsuo Shima, terlibat kecelakaan dengan seorang esper yang terdampar di jalanan Tokyo setelah melarikan diri dari kurungan lembaga pemerintah. Melalui pertemuan ini, Tetsuo mulai mengembangkan kemampuan misteriusnya sendiri, sementara pemerintah berupaya mengkarantina cenayang terbaru ini dalam upaya putus asa untuk mencegahnya melepaskan kekuatan penghancur yang sekali lagi dapat melumpuhkan kota.
