Lima belas tahun yang lalu di wilayah tandus Samudra Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan tenggelam di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro—seorang insinyur kapal—tewas dalam kecelakaan mobil fatal. Hubungan tak terduga antara peristiwa-peristiwa ini baru terungkap di kapal pesiar mewah St. Aphrodite selama pelayaran perdananya.
Di atas kapal tersebut, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati liburan yang sangat dibutuhkan, yang disediakan oleh keluarga Sonoko Suzuki. Namun, kesenangan mereka segera terhenti ketika permainan petak umpet menyebabkan Sonoko menghilang. Beberapa waktu kemudian, CEO Grup Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan tewas ditusuk dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan mendekati pelaku. Tak mau ditangkap, pelaku mengancam akan meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya.
Saat lambung kapal cepat terisi air, kebenaran di balik pembunuhan balas dendam akhirnya terungkap. Tanpa tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus berhadapan dengan pelaku yang sulit ditangkap sebelum semua orang di kapal ditarik ke dasar laut.
