Suatu pagi, di dek observasi Bell Tree Tower, seorang pria tiba-tiba ditembak mati oleh penembak jitu tak dikenal. Conan Edogawa, yang kebetulan sedang berkunjung saat pembunuhan itu terjadi, bergegas untuk menangkap penembak jitu tersebut, tetapi gagal. Dia kemudian mengetahui bahwa tersangka dalam insiden tersebut, Timothy Hunter, adalah mantan anggota pasukan Operasi Khusus Angkatan Laut dan sedang diselidiki untuk kasus pembunuhan sebelumnya. FBI meyakini bahwa setidaknya ada tiga orang yang diinginkan Timothy untuk dibunuh. Namun, setelah kematian dua orang di antara mereka, Timothy sendiri terbunuh, membuat penyelidikan menjadi berantakan.
Saat mereka kehilangan satu-satunya petunjuk, berita tentang pembunuhan itu menyebar ke seluruh Tokyo, membuat kota itu panik. Terserah pada Conan untuk menemukan dan menangkap pelakunya dengan harapan dapat mengakhiri teror penembakan membabi buta ini.
