Setelah melewati berbagai peristiwa yang penuh gejolak, Sersan Mercenary Sousuke Sagara dari Mithril dan gadis sekolah “Whispered” Kaname Chidori kembali ke kehidupan sekolah menengah mereka yang normal. Sousuke terus berusaha untuk berbaur dengan penduduk sipil sambil mengelola misinya, sementara Kaname berusaha mendukung usahanya (meskipun tingkah lakunya sering membuatnya kesal).
Namun, saat kehidupan mereka mulai tenang, masalah baru mulai muncul. Kemunculan organisasi teroris independen bernama Amalgam dan konflik internal di dalam Mithril mengancam akan menghancurkan persatuan menjadi serangkaian kegagalan dan pengkhianatan. Dan model Arm Slave baru yang lebih kuat hanya memperburuk situasi saat perdamaian dunia dipertaruhkan.
Saat Kaname dan Sousuke menghadapi pertempuran batin mereka di tengah pertempuran yang mengancam nyawa, apakah mereka mampu membuat pilihan yang tepat dan mengubah masa depan mereka?
