Mahiro Yasaka hanyalah seorang siswa sekolah menengah biasa, sampai suatu hari dia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Saat semuanya tampak hilang, dia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengaku sebagai dewa pengubah bentuk Nyarlathotep dari Cthulhu Mythos karya pengarang horor H.P. Lovecraft, yang dikirim oleh Badan Pertahanan Antariksa ke Bumi. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana untuk menculik dan menjualnya sebagai budak.
Setelah menyelamatkannya dari alien tersebut, dewa Lovecraftian jatuh cinta pada Mahiro dan memaksa masuk ke dalam rumah tangganya, yang membuat Mahiro kecewa. Selain itu, mereka segera bergabung dengan dua orang lain dari alam semesta fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak laki-laki yang mudah disalahartikan sebagai wanita cantik. Bersama-sama, ketiga alien eksentrik ini melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam keselamatan dirinya dan Bumi, sekaligus membuat hidupnya seperti di neraka.
