Pada tahun 19XX, setelah dikhianati dan ditinggalkan untuk mati, pejuang pemberani Kenshirou mengembara di gurun pasca-apokaliptik dalam upaya melacak saingannya, Shin, yang telah menculik tunangan tercintanya, Yuria. Selama perjalanannya, Kenshirou memanfaatkan wujud bertarungnya yang mematikan, Hokuto Shinken, untuk membela mereka yang tak berdaya dari para perusak yang haus darah. Tak lama kemudian, eksploitasinya mulai menarik perhatian musuh yang lebih besar, seperti panglima perang dan seniman bela diri saingan, dan Kenshirou mendapati dirinya terlibat dengan lebih dari yang semula ia harapkan.
Dihadapkan dengan peluang yang semakin besar, penerus Hokuto Shinken terpaksa menguji kemampuannya dalam upaya untuk merebut kembali apa yang paling ia pedulikan. Dan saat tantangan-tantangan baru ini muncul dan pertempuran melawan ketidakadilan semakin intensif, yaitu konfliknya dengan Shin dan anggota aliran bela diri Nanto Seiken lainnya, Kenshirou secara bertahap berubah menjadi penyelamat dunia yang penuh dengan radiasi dan kekerasan.
