Shuuzou “Shuu” Matsutani menjalani hidupnya yang biasa-biasa saja dengan tenang. Dia memiliki teman, kekasih, dan passion untuk kendo. Setelah kalah dari rival kendo-nya, Shuu memanjat cerobong asap untuk menonton matahari terbenam, di mana dia menemukan Lala-Ru, seorang gadis berambut biru yang pendiam dan mengenakan kalung aneh. Shuu mencoba berteman dengannya, meskipun responsnya yang acuh tak acuh dan datar.
Namun, harapannya hancur ketika seorang wanita, disertai dua mesin berbentuk ular, muncul dari udara tipis dengan satu tujuan: menangkap Lala-Ru. Shuu, yang keras kepala, mencoba menyelamatkan temannya dari penculiknya dan dibawa ke dunia gurun yang belum pernah ia lihat sebelumnya. Namun, meskipun dalam keadaan tersebut, Shuu hanya memikirkan menyelamatkan Lala-Ru, hingga dia dipukuli habis-habisan oleh beberapa tentara. Seperti yang dia temukan, Lala-Ru dapat memanipulasi air dan kalungnya adalah sumber dari mana dia dapat menghasilkan cairan, komoditas langka di lingkungan barunya. Namun, kini kalung itu hilang, dan Shuu menjadi tersangka utama.
Ima, Soko ni Iru Boku adalah kisah mengerikan tentang dunia distopia, dan tentang Shuu yang harus menahan siksaan, kelaparan, dan horor perang demi menyelamatkan gadis kesepian yang ia temukan duduk di atas cerobong asap.
