Di masa depan yang tidak terlalu jauh, umat manusia telah mencapai tingkat kemajuan di mana transplantasi tubuh secara keseluruhan dari daging ke mesin menjadi mungkin. Hal ini memungkinkan peningkatan yang signifikan dalam kemampuan fisik dan cybernetik, serta mengaburkan batas antara kedua dunia tersebut. Namun, para penjahat juga dapat memanfaatkan teknologi ini sepenuhnya, yang mengakibatkan munculnya kejahatan baru dan terkadang sangat berbahaya. Sebagai respons terhadap metode inovatif baru ini, Pemerintah Jepang telah mendirikan Section 9, unit kepolisian yang beroperasi secara independen dan menangani kejahatan-kejahatan yang sangat sensitif.
Dipimpin oleh Daisuke Aramaki dan Motoko Kusanagi, Section 9 menangani kejahatan semacam itu di seluruh spektrum sosial, biasanya dengan sukses. Namun, ketika dihadapkan pada seorang hacker tingkat A yang dijuluki “The Laughing Man,” tim tersebut terjebak dalam permainan kucing-kucingan yang berbahaya, mengikuti jejak hacker tersebut saat ia meninggalkan jejaknya di Jepang.
