Meskipun keinginan Sayaka Miki terpenuhi, konsekuensi tak terduga yang menyertainya membuatnya kewalahan, menyebabkan permata jiwanya tercemar saat ia menyerah pada keputusasaan dan akhirnya kehilangan kemanusiaannya. Homura Akemi mengungkapkan kepada Kyouko Sakura dan Madoka Kaname tentang nasib akhir para gadis penyihir: begitu permata jiwa mereka tercemar, permata tersebut akan berubah menjadi Benih Kesedihan, dan mereka akan terlahir kembali sebagai penyihir-sebuah kebenaran yang hanya bisa diketahui oleh Homura dengan cara mengulang-ulang sejarah berkali-kali untuk mencegah tragedi yang menimpa Madoka.
Kyuubey hanya menambah keputusasaan mereka ketika dia mengakui niatnya yang sebenarnya: untuk memanfaatkan energi yang tercipta dari para gadis sihir dan menggunakannya untuk memperpanjang umur alam semesta. Saat ancaman Walpurgisnacht, penyihir yang kuat, membayangi, Homura sekali lagi bersumpah untuk melindungi Madoka dan dunia dari nasib suram.
Terjebak di antara memenuhi permintaan Homura dan menyelamatkan dunia, manakah yang akan dipilih Madoka pada akhirnya?
Mahou Shoujo Madoka★Magic Movie 2: Eien no Monogatari adalah sebuah kisah tentang takdir yang tak terhindarkan, dan seorang pahlawan yang tidak mungkin bisa mengubah semuanya.
