Pada tahun Cosmic Era 0071, koloni ruang angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang melanda galaksi antara Coordinators—manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum kelahiran—dan Naturals, manusia yang tidak diubah dan tetap tinggal di planet Bumi. Kebencian mendalam Naturals terhadap Coordinators memaksa makhluk-makhluk canggih ini untuk berpindah ke ruang angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia.
Kira Yamato adalah seorang Coordinator dan mahasiswa universitas di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi kacau balau saat ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Coordinator pemberontak, menyerang koloni tersebut dalam upaya mencuri lima unit mobile suit militer canggih yang dikenal sebagai Gundams.
Meskipun ZAFT berhasil membawa kabur empat unit mobile suit, Kira mengambil alih Gundam terakhir, Strike. Setelah selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan kru Archangel, kapal yang dioperasikan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda itu mengalami horor perang dan kehilangan yang menyertainya.
