Sebuah ramalan kuno menceritakan tentang hari ketika para raksasa es, petir, dan api terganggu. Ketika hal ini terjadi, Lugia, penjaga laut, akan bangkit dan memulihkan harmoni. Terpesona oleh kata-kata ramalan tersebut, Gelardan, seorang kolektor Pokémon, berangkat dengan kapal udaranya dengan rencana mengerikan untuk menangkap Lugia dengan mengejar ketiga raksasa tersebut.
Setelah Gelardan bertindak, perubahan iklim drastis mulai terjadi, dengan badai-badai mengerikan muncul di seluruh penjuru dunia. Salah satu badai tersebut menyebabkan kapal yang membawa para pelatih Pokémon Satoshi, Kasumi, dan Kenji terombang-ambing dan mendarat di Pulau Shamouti. Setelah tiba, Satoshi diberitahu tentang ramalan kuno tersebut, serta takdirnya sebagai orang terpilih yang akan membantu Lugia memulihkan keseimbangan dunia.
Dengan nasib dunia di tangannya, Satoshi harus mengumpulkan keberanian untuk menghadapi kekacauan yang mengancam akan menghancurkan segalanya dan menghentikan Gelardan.
