Pada tahun 1600, di medan perang yang diselimuti kabut di Sekigahara, berlangsung pertempuran sengit antara dua pedang legendaris. Salah satunya adalah Kyoushirou Mibu, seorang prajurit terampil dan mulia yang menguasai kekuatan unik Klan Mibu. Yang lainnya adalah pembunuh seribu orang, dengan mata dan rambut berwarna darah, “Mata Iblis” Kyou. Pertarungan legendaris mereka terhenti ketika sebuah meteor dari langit jatuh ke medan perang tersebut, meninggalkan keduanya menghilang dalam jejaknya.
Samurai Deeper Kyou dimulai empat tahun setelah pertempuran itu, ketika seorang pemburu hadiah yang membawa senjata api bernama Yuya Shiina memburu Kyoushirou—sekarang seorang tabib keliling yang menyimpang dan telah menumpuk utang besar. Dalam perjalanan untuk menagih hadiahnya, mereka diserang oleh monster tak berwujud yang ingin memakan Kyoushirou. Pertemuan ini membangkitkan “Demon Eyes” Kyou, yang pikiranannya terjebak di dalam tubuh Kyoushirou sejak pertempuran nasib itu. Demikianlah dimulai kisah besar dua pedang legendaris dan penemuan rahasia mereka.
