Setelah mendapatkan kembali kemampuannya sebagai cumi-cumi, Ika Musume berencana untuk melanjutkan misinya yang telah ditetapkannya sendiri untuk menghancurkan seluruh umat manusia. Namun, pekerjaannya yang tanpa beban sebagai pelayan di rumah pantai Lemon membuatnya hanya bisa bermalas-malasan di waktu luangnya! Selain itu, ia juga dibebani dengan banyak masalah, seperti dikejar-kejar oleh sekelompok orang yang terobsesi dengan alien dan menarik perhatian seorang gadis gila.
Mengambil lanjutan dari musim pertama, Shinryaku!? Ika Musume mengikuti kehidupan Ika Musume yang lucu saat dia merencanakan invasi berikutnya ke dunia permukaan.
