Dahulu kala, sebuah ras yang dikenal sebagai Shadow Angels menyerang Bumi untuk mengumpulkan energi kehidupan dari semua makhluk yang menghuni planet ini. Berkat keajaiban yang luar biasa, Shadow Angels menjadi tidak aktif, dan umat manusia dapat hidup selama 12.000 tahun tanpa takut akan kehadiran mereka. Namun, 11 tahun setelah bencana yang disebut Holy Genesis menghancurkan Bumi, Shadow Angels terbangun dari tidurnya dan melanjutkan serangan mereka sekali lagi.
Untuk memberikan umat manusia sedikit peluang, sebuah organisasi bernama DEAVA dibentuk, dan penggunaan senjata robot bernama Aquarion diizinkan. Agar Aquarion dapat mencapai kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu—suatu prestasi yang jarang dapat dicapai. Oleh karena itu, pencarian terhadap yang disebut ‘Element Users’ diprioritaskan, dengan harapan memastikan masa depan umat manusia.
Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda liar yang dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai reinkarnasi pahlawan legendaris. Setelah teman terbaiknya dibawa oleh Shadow Angels, Apollo memilih untuk menjadi pilot Aquarion. Apakah ia mampu membalikkan keadaan perang dan membebaskan umat manusia dari ancaman Shadow Angels selamanya?
