Jika dilakukan survei untuk mengetahui apakah orang percaya pada alien, pelancong waktu, atau mungkin esper, kebanyakan akan menjawab tidak; Kyon, seorang siswa SMA biasa, menganggap dirinya termasuk dalam golongan yang tidak percaya. Namun, pada hari pertama sekolahnya, ia bertemu dengan seorang gadis yang segera mengubah dunia hidupnya.
Selama perkenalan kelas, Haruhi Suzumiya yang cantik dengan berani mengumumkan kebosanannya dengan orang-orang “normal” dan niatnya untuk bertemu dengan makhluk supernatural. Terkejut, Kyon mengetahui frustrasinya karena kurangnya klub yang berfokus pada hal-hal paranormal di sekolah mereka dan tanpa sengaja menginspirasinya untuk mendirikan klubnya sendiri. Ia menciptakan Brigade Haruhi Suzumiya untuk Menyebarkan Keseruan ke Seluruh Dunia, yang lebih dikenal sebagai Brigade SOS.
Setelah pendirian SOS Brigade, Haruhi berhasil merekrut Kyon dan tiga anggota lain: Yuki Nagato, seorang kutu buku yang pendiam, Mikuru Asahina, seorang senior yang pemalu, dan Itsuki Koizumi, yang selalu positif. Meskipun penampilan mereka biasa-biasa saja, setiap anggota baru SOS Brigade memiliki rahasia masing-masing yang terkait dengan Haruhi. Terjebak dalam misteri seputar pemimpin klub yang eksentrik, Kyon dibawa dalam serangkaian petualangan yang tidak terduga oleh Haruhi dan SOS Brigade, masing-masing membawa dia lebih dekat pada kebenaran tentang siapa dan apa sebenarnya Haruhi.
