“Mainan” adalah kekuatan yang diberikan kepada mereka yang terpilih untuk menggunakannya, masing-masing memiliki kualitas yang unik bagi penggunanya. Beberapa dari mereka terlahir dalam keadaan murni, menggunakan kekuatan mereka untuk menjadi detektif. Sebagian lainnya mekar dengan dicampur racun dan memilih menjadi pencuri hantu. Dua faksi yang berlawanan ini menyebabkan terbentuknya berbagai akademi detektif di seluruh dunia-melatih para detektif untuk melawan dan menangkap pencuri hantu.
Sherlock Shellingford, Nero Yuzurizaki, Hercule Burton, dan Cordelia Glauca membentuk “Milky Holmes”, kelompok yang dikenal sebagai yang terbaik di Akademi Detektif Holmes yang berbasis di Yokohama. Namun, dalam sebuah pertempuran melawan pencuri hantu Arsene, mainan mereka tiba-tiba menghilang, membuat mereka tidak layak untuk melanjutkan pekerjaan mereka sebagai detektif. Dilucuti dari kehidupan bergengsi mereka dan dilemparkan ke loteng kumuh, mereka menghadapi pengusiran jika gagal mendapatkan kembali kekuatan mereka dalam waktu tiga bulan ke depan.
Tantei Opera Milky Holmes bercerita tentang kelompok yang pernah melegenda dalam perjalanan mereka untuk mendapatkan kembali mainan mereka, serta mencoba untuk melanjutkan pekerjaan mereka tanpa kekuatan yang pernah mendefinisikan karier mereka.
