Summer 2003

Hatsunejima dipenuhi dengan misteri—salah satunya adalah pohon sakura yang tak pernah layu di kota tersebut, yang konon dapat mengabulkan keinginan paling tulus. Ada juga rumor tentang orang-orang yang memiliki kekuatan supranatural, seperti Junichi Asakura, yang dapat melihat mimpi orang lain dan menciptakan permen dari ketiadaan. Bersama saudarinya, Nemu, ia menikmati hidup damai bersama teman-temannya di Akademi Kazami, namun memilih untuk menyembunyikan identitasnya.

Kehidupan sekolahnya yang tenang terhenti ketika ia mengetahui bahwa teman masa kecilnya, Sakura Yoshino, telah kembali dari Amerika setelah enam tahun. Ia datang dengan satu tujuan: untuk menepati janji yang ia buat bersama Junichi bertahun-tahun yang lalu. Namun, tak ada yang tahu bahwa kedatangan Sakura akan mengubah hidup semua orang—baik atau buruk.

Kanenone Gakuen adalah sekolah asrama khusus laki-laki yang terletak di pedesaan Jepang. Meskipun sekolah khusus laki-laki bukanlah hal yang baru, hidup bisa menjadi cukup sulit ketika tidak ada siswa perempuan dalam radius bermil-mil. Untuk membantu kesehatan mental semua pihak yang terlibat, dewan sekolah telah memutuskan untuk mencoba menggabungkan diri dengan sekolah asrama khusus perempuan terdekat agar menjadi sekolah campuran. Para siswa laki-laki Kanenone sangat antusias dengan prospek tersebut, sementara para siswi penasaran bagaimana kehidupan sekolah akan menjadi lebih menarik jika ada lebih banyak siswa laki-laki di sekitar. Sebelum keputusan serius diambil, para siswi diundang untuk tinggal di Kanenone selama satu bulan sebagai uji coba.

Green Green mengikuti Yuusuke Takazaki dan teman sekamarnya yang nakal, yang disebut Trio Baka (Idiot), serta kemampuan mereka untuk berbicara dengan para siswi tanpa membuat diri mereka terlihat bodoh. Namun, begitu bus sekolah yang membawa para gadis tiba, segalanya menjadi aneh, penuh hormon, dan histeris. Khususnya, seorang gadis bernama Midori Chitose melompat dari bus dan langsung memeluk Yuusuke yang sangat bingung. Apakah dia seorang playboy alami, ataukah keduanya memiliki sejarah bersama yang tidak dia ketahui?

Hitotose Chitose kini tinggal bersama lima gurunya sebagai ibu-ibunya. Namun, tiba-tiba muncul seorang gadis misterius yang menjadi tetangganya. Ternyata, gadis itu adalah Nagatsuki Kuron, yang menginginkan Mu-chan menjadi anaknya. Hal ini memicu persaingan saudara baru tentang siapa yang akan menjadi anak Mu-chan.

Di wilayah Kanto, tujuh sekolah menengah atas bertarung habis-habisan untuk kekuasaan mutlak. Setiap petarung adalah reinkarnasi dari seorang prajurit legendaris dari periode Tiga Kerajaan, yang menempatkan mereka dalam perjuangan berbahaya untuk mengatasi nasib kejam yang seringkali menimpa mereka. Di antara mereka ada Hakufu Sonsaku, seorang siswa di Akademi Nanyou yang—meskipun memiliki kemampuan bela diri yang luar biasa—dinyatakan akan dibunuh di usia muda oleh Ukitsu yang kejam.

Namun, teman sekelasnya, Koukin Shuuyu, ditugaskan oleh ibu Hakufu untuk melindungi sepupunya dari nasib tragis tersebut. Menambah beban Shuuyu, Hakufu sering mengalami ledakan amarah mendadak, di mana ia kehilangan kesadaran dan melepaskan kekuatan destruktif yang mengancam nyawanya sendiri. Bersama dengan “Empat Besar” Nanyou, Hakufu dan Shuuyu harus menggagalkan rencana sekolah rival utama mereka dan mengungkap sifat sebenarnya dari kekuatan Hakufu sebelum terlambat.

Masa lalu Maiku Kamishiro selalu menjadi misteri baginya. Satu-satunya petunjuk yang dimilikinya tentang siapa keluarganya adalah sebuah foto tua yang memperlihatkan dua anak kecil, seorang laki-laki dan perempuan, bermain di kolam kecil di depan rumah biru. Dalam upaya mencari keluarganya, ia pindah ke rumah biru tersebut dan mulai bekerja sebagai programmer. Ia hidup dengan nyaman hingga suatu hari dua gadis yang sangat berbeda datang ke pintunya, keduanya membawa foto yang sama, dan keduanya mengklaim sebagai kembarannya. Tanpa cara untuk membuktikan siapa yang merupakan kerabat dan siapa yang asing, Maiku mengizinkan kedua gadis itu tinggal bersamanya hingga mereka yakin.