Winter 2004

Setelah penutupan kasus “Laughing Man”, Seksi 9 dibentuk kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk melawan ancaman terorisme siber yang terus menerus.

Sebuah kelompok yang menamakan diri “The Individual Eleven” mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota Seksi 9 lainnya menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena para pengungsi asing yang terpaksa mengungsi akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun, saat anggota tim operasi khusus terus bertemu dengan Gouda Kazundo—seorang anggota utama Layanan Intelijen Kabinet—dalam perburuan mereka, mereka mulai mencurigai bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih terhubung daripada yang mereka sadari…

Sachiko Ogasawara, seorang siswi cerdas dan anggun di Akademi Lillian untuk Perempuan, menyembunyikan kepribadian yang penuh masalah di balik statusnya sebagai idola sekolah. Ia memiliki kebencian mendalam terhadap pria dan merasa jijik dengan gagasan harus menari bersama seorang siswa laki-laki untuk pertunjukan sekolah yang akan datang. Ingin mundur dari perannya, dia mengusulkan kepada Dewan Yamayuri, dewan siswa Lillian, bahwa dia akan membuktikan nilainya dengan mencari seorang petite sœur—seorang siswa junior yang menjadi murid dari grande sœur-nya.

Dengan kebingungan semua orang, Yumi Fukuzawa, siswa tahun pertama yang diundang Sachiko untuk menjadi petite sœur-nya, menolak proposal tersebut. Namun, anggota senior Dewan Yamayuri, Sei Satou, mengusulkan tantangan: jika Sachiko dapat meyakinkan Yumi untuk menjadi petite sœur-nya, dia dapat mundur dari pertunjukan. Meskipun Sachiko sering kesulitan berinteraksi dengan orang lain, dia berusaha sekuat tenaga untuk memenangkan hati Yumi.

Si terkenal Shounen Bat sedang menakuti warga Kota Musashino. Berkeliling dengan sepatu roda dan memukul orang-orang dengan tongkat bisbol emas, pelaku tampaknya mustahil untuk ditangkap—apalagi dipahami. Korban pertamanya, desainer karakter terkenal namun pemalu Tsukiko Sagi, diduga sebagai dalang serangan tersebut. Hanya dipercaya oleh boneka binatang berbulu pink antropomorfiknya, Maromi, Tsukiko hanyalah salah satu dari banyak korban Shounen Bat.

Saat Shounen Bat terus melancarkan serangan tanpa henti di kota, detektif Keiichi Ikari dan Mitsuhiro Maniwa mulai menyelidiki identitas penyerang. Namun, semakin banyak orang menjadi korban tongkat emas terkenal itu, dan berita tentang penyerang mulai menyebar di seluruh kota. Paranoia mulai merasuki orang-orang saat rumor mengerikan menyebar di kalangan dewasa dan anak-anak.

Apakah kedua detektif tersebut mampu mengungkap kebenaran di balik Shounen Bat, ataukah paranoia akan menguasai mereka terlebih dahulu?

Pada ulang tahunnya yang ke-16, Tomokazu Mikuri mengalami mimpi yang sangat nyata di mana ia melihat seorang gadis bertarung melawan makhluk raksasa yang mengapung. Ketika ia bangun, ia terkejut bahwa gadis itu ternyata sedang tidur di sampingnya… Setiap kali ia tidur mulai saat itu, ia kembali ke dunia mimpi, dan semakin banyak orang yang ia kenal muncul di sana. Ia mengetahui dari seorang wanita bertopeng misterius di dunia mimpi bernama Silk bahwa mereka sedang bertarung melawan seseorang bernama Faydoom, dan ia lah yang memberikan kekuatan kepada gadis-gadis itu agar mereka dapat melawan monster-monster tersebut. Dan begitulah terus…